<Script Language = "Javascript">
var count = 0;
function test(){
for (x=0 ; x <100 ; x ++){
for (y=0 ; y< 50 ; y++){
if(x>10 && y>10){
count ++
}}}
test();
document.write(count);
</Script>
さすがにこんな記述をする人は居ないと思いますが、極端な例として考えてください。
複数のループルーチンと条件分岐を組み込んだシステムを function 化させた例ですが、階層化されていないのでどのルーチンがどのように動いているかを理解するのは非常に難しくなります。 また、このプログラムはそのままソースをコピーしてもエラーが出る（ } が足りない ）のですが、それがどこの部分なのか、見極めるのは困難になります。
この程度のプログラムでもそうですから、５００行や７００行を超える膨大なJavascriptを開発したらもう、目も当てられない状態になってしまいます。
例えば上記の例であれば、このように記述することで、ソースは格段に見やすくなります。
<Script Language = "Javascript">
var count = 0;
//カウンターを計算する
function test(){
//Ｘ側ループ
for (x=0 ; x <100 ; x ++){
//Ｙ側ループ
for (y=0 ; y< 50 ; y++){
if(x>10 && y>10){
count ++
}
}
}
}
test();
document.write(count);
</Script>